Package 'SISINTAR'

Anida datos de horizontes

Description

La función anidar_horizontes permite organizar la información de uno o más perfiles y sus horizontes en un data.frame. Cada fila se corresponde con un perfil y los datos de los horizontes se guardan en una columna de data.frames llamada horizonte. desanidar_horizontes realiza la operación contraria.

Usage

anidar_horizontes(perfiles)

desanidar_horizontes(perfiles)

Arguments

perfiles

un data.frame con perfiles (salida de get_perfiles())

Value

Un data.frame anidado. El resultado tiene una fila por cada perfil y una columna por cada dato del perfil más una columna llamada "horizontes" que contiene un data.frame con los horizontes de cada perfil.

Examples

anidados <- anidar_horizontes(perfiles)

# igual a perfiles salvo posiblemente por el orden de las columnas
desanidados <- desanidar_horizontes(anidados)

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Objeto SoilProfileCollection

Description

Transforma uno másperfiles de SISINTA en formato data.frame en un objeto SoilProfileCollection del paquete aqp.

Usage

as_SoilProfileCollection(perfiles)

Arguments

perfiles

data.frame con perfiles descargados o leidos con la función get_perfiles().

Value

un objeto aqp::SoilProfileCollection

Examples

coleccion <- as_SoilProfileCollection(perfiles)

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Buscar perfiles en base a ubicación y fechas

Description

Buscar perfiles en base a ubicación y fechas

Usage

buscar_perfiles(
  rango_lon = NULL,
  rango_lat = NULL,
  rango_fecha = NULL,
  clase = NULL,
  serie = NULL,
  actualizar_cada = 30
)

Arguments

rango_lon, rango_lat	vectores numéricos con los límites de longitud y latitud. La longitud tiene que estar entre -180º y 180º. Los límites se definen como el mínimo y el máximo valor de cada vector.
rango_fecha	vector tipo Date o que se puede cohercer a fecha con as.Date() que define el rango de fechas a buscar.
clase	vector de caracteres para filtrar la clase del perfil. La función lo trata como una expresión regular que no distingue mayúsculas y minúsculas. Si es un vector de longitud mayor a 1, se filtran las clases que coincidan con al menos uno de los elementos (es decir, filtra con O).
serie	vector con nombres de series. El nombre debe ser el mismo que aparece en la serie. Si alguna serie no se encuentra, la función tira error.
actualizar_cada	valor numérico que define cada cuantos días se actualiza el archivo con la información de la base de datos (no usado)

Value

Un data.frame con los perfiles que cumplen las condiciones de búsqueda

Examples

## Not run: 
centro <- buscar_perfiles(rango_lat = c(-45, -30))
with(centro, plot(lon, lat))

recientes <- buscar_perfiles(rango_fecha = c("2010-01-01", "2025-01-01"))
with(recientes, plot(lon, lat))

# Perfiles donde la clase contiene "hapludol" o "natralbol"
buscar_perfiles(clase = c("hapludol", "natralbol"))

# Perfiles de la serie Ramallo
buscar_perfiles(serie = "Ramallo")

## End(Not run)

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Evalúa conexión con el servidor de SISINTA

Description

Evalúa conexión con el servidor de SISINTA

Usage

check_sisinta()

Value

Un valor lógico indicando si se puede establecer conexión con el servidor

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Exporta perfiles a excel

Description

La función exporta uno o más perfiles de SISINTA descargados o leidos con get_perfiles() a un archivo excel donde los datos de sitio están en una hoja llamada "sitios" y los horizontes, en una hoja llamada "horizontes".

Usage

exportar_excel(perfiles, archivo)

Arguments

perfiles	un data.frame con perfiles (salida de get_perfiles())
archivo	la ruta al archivo de salida.

Value

Devuelve la ruta al archivo de forma invisible.

Examples

archivo <- tempfile(fileext = ".xlsx")
exportar_excel(perfiles, archivo)

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Exportar perfiles en shapefile

Description

La función exporta uno o más perfiles de SISINTA descargados o leidos con get_perfiles() en formato shapefile. !!! REQUIERE NOMBRES DE COLUMNAS MÁS CORTOS

Usage

exportar_shapefile(perfiles, archivo)

Arguments

perfiles	un data.frame con perfiles (salida de get_perfiles())
archivo	la ruta al archivo de salida.

Examples

archivo <- tempfile(fileext = ".shp")
# exportar_shapefile(perfiles, archivo)

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Obtiene perfiles de suelo

Description

Obtiene datos de perfiles. Por defecto, primero intenta leer datos existentes en dir, si no existen, usa los datos incluidos en el paquete, y si no existen, trata de descargarlos desde SISINTA. Esto garantiza reproducibilidad del proyecto o bajo mismas versiones del paquete y minimiza la dependencia de una conexión a internet.

Usage

get_perfiles(
  perfil_ids,
  dir = tempdir(),
  refresh = FALSE,
  parar_en_error = FALSE,
  credenciales = NULL
)

Arguments

perfil_ids	vector numérico de ids de perfiles de suelo. Alternativamente puede ser un data.frame con una columna llamada perfil_id (la salida de buscar_perfiles())
dir	directorio donde se guardan los datos de perfiles o donde se leen perfiles ya descargados. Por defecto, los perfiles descargados se guardan en una carpeta temporal.
refresh	boleano, fuerza descargar datos de SISINTA.
parar_en_error	tirar un error si algún perfil no está disponible en vez de seguir intentando con los siguientes.
credenciales	una lista con elementos "usuario" y "pass".

Value

Un data.frame.

Examples

## Not run: 
get_perfiles(c(3238, 4634, 4609))
get_perfiles(4609, credenciales = list(usuario = "usuario",
                                       pass = "pass"))

## End(Not run)

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Imputa valores faltantes en profundidad inferior

Description

La función revisa si el perfil tiene valor faltante en la variable profundidad_inferior e imputa un valor dado por profundidad_superior más una constante definida por el argumento profundidad.

Usage

imputar_profundidad_inferior(perfiles, profundidad = 5)

Arguments

perfiles	un data.frame con perfiles (salida de get_perfiles())
profundidad	la profundidad asumida de la ultima capa

Value

Un data.frame con las mismas filas y columnas que el objeto de entrada.

Examples

perfil <- subset(perfiles, perfil_id == 3238)
imputar_profundidad_inferior(perfil)
imputar_profundidad_inferior(perfil, profundidad = 10)

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Métodos de interpolación

Description

SISINTAR implementa dos métodos de interpolación para obtener horizontes estandarizados de las distintas variables disponibles. Estos métodos devuelven una función que recibe los límites superior e inferior de cada capa, las observaciones a interpolar y los horizontes o profundidades a los que se quiere interpolar cada variable.

Usage

interpolar_concatenar(sep = "|")

interpolar_spline(lambda = 0.1)

interpolar_promedio_ponderado()

Arguments

sep	separador utilizado para concatenar los valores únicos de cada capa.
lambda	parámetro lambda de suavizado.

Details

interpolar_promedio_ponderado utiliza un promedio ponderado para calcular los valores interpolados en las capas definidas.

interpolar_spline utiliza la funcione spline que preserva la masa de acuerdo a Bishop T.F.A. el. al. (1999).

References

Bishop T.F.A. el. al. (1999) Modelling soil attribute depth functions with equal-area quadratic smoothing splines. https://doi.org/10.1016/S0016-7061(99)00003-8

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Interpola perfiles

Description

La función genera perfiles normalizados a partir de horizontes estandarizados utilizando alguno de los métodos disponibles.

Usage

interpolar_perfiles(
  perfiles,
  variables,
  horizontes = 30,
  metodo = interpolar_promedio_ponderado(),
  metodo_categorico = interpolar_concatenar(),
  parar_en_error = FALSE
)

Arguments

perfiles	un data.frame con datos de perfiles
variables	un vector de texto con los nombres de las variables a interpolar
horizontes	un vector numérico que determina los horizontes a usar para la interpolación o un numérico único que determina la resolución en centímetros.
metodo, metodo_categorico	el método de interpolación utilizado para variables continuas y categóricas, respectivamente. Ver interpolar_promedio_ponderado().
parar_en_error	tirar un error si algún perfil tiene una profundidad máxima que es menor a la indicada. Si es FALSE, interpola hasta la máxima profundidad disponible y tira un warning.

Value

Un data.frame con los datos interpolados.

Examples

interpolar_perfiles(perfiles, c("sum_bases", "cic"))

## Not run: 
# interpolar_spline() no acepta valores faltantes en las profundidades.
# Para imputar, ver imputar_profundidad_inferior().
interpolar_perfiles(perfiles, c("sum_bases", "cic"),
                    metodo = interpolar_spline())


## End(Not run)
# Horizontes cada 10 centímetros entre 0 y 100.
interpolar_perfiles(perfiles, c("sum_bases", "cic"), seq(0, 100, 10))

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Inicial sesión en la página de SISINTA

Description

Esta función interna es utilizada por get_perfiles() para acceder a la web de SISINTA con usuario y contraseña y poder descargar los perfiles no púplicos.

Usage

log_in(usuario, pass)

Arguments

usuario	string, usualmente el mail.
pass	string, contraseña asociada.

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Perfiles de ejemplo

Description

Perfiles de ejemplo

Usage

perfiles

Format

An object of class data.frame with 18 rows and 105 columns.

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Separar datos de sitio y horizonte en dos tablas

Description

Esta función permite separar el data.frame que genera get_perfiles() que contiene la información del sitio y sus horizontes en dos data.frames organizados en una lista.

Usage

separar_perfiles(perfiles)

Arguments

perfiles

un data.frame con perfiles (salida de get_perfiles())

Value

Una lista con dos elementos. El elemento sitios, es un data.frame con la información de los sitios y el elemneto horizontes es un data.frame con la información de horizontes.

Examples

separar_perfiles(perfiles)

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